Els òrgans col·legiats de direcció d’AFEDECO són:
Su órgano soberano, se reúne al menos una vez cada año, durante el primer trimestre natural, para someter a la consideración de los socios y, en su caso, a la aprobación, las gestiones que se han realizado a lo largo de ese periodo. También se procede a la liquidación de los presupuestos del ejercicio económico anterior y se presenta un proyecto de presupuestos para el ejercicio presente. Finalmente, el Presidente presenta una programación de actividades que se tiene previsto desarrollar dentro de esa anualidad, sin perjuicio de todas aquellas que no han podido preverse y que de seguro se irán presentando a lo largo del año.
Com a òrgan col·legiat en el qual participen els presidents i/o representants de cadascuna de les Associacions federades. I que es reuneix almenys una vegada cada dos mesos. En la Junta de Govern es consideren i, si escau, s'aproven, les gestions que s'han realitzat des de l'anterior de les Juntes de Govern. També de forma periòdica es presenten en aquest òrgan de decisió els resums comptables de la federació així com aquells assumptes que s'han presentat prèviament en Secretària per les Associacions.
Es el órgano colegiado integrado por las personas que el presidente presenta ante la Asamblea General, bien dentro de su propia candidatura o bien de otra u otras que finalmente también se incorporaron y recibieron la aquiescencia de la Asamblea General.
El funcionamiento de todos los órganos colegiados de la Federación obedece a las más estrictas normas de actuación democrática, en función de sus Estatutos Sociales, y en cumplimiento de los acuerdos que válidamente hayan sido acordados por cada uno de sus órganos colegiados.
L'adopció dels acords es realitza segons l'òrgan pertinent de conformitat al previst en aquesta norma estatutària.
A mediados de 2013 AFEDECO fue una de las organizaciones impulsoras y fundadoras de la Confederación Balear de Comercio, que se constituía para ser el interlocutor social y político del comercio de nuestra Comunidad Autónoma. Además de nuestra Federación se han incorporado PIMECO, por Mallorca, Ascome por Menorca y Pimeef, de Ibiza y Formentera.
Dentro de las estructuras empresariales AFEDECO ha sido socio fundador de la Confederación de Asociaciones Empresariales de Baleares (CAEB) formando parte activa de dicha Confederación.
En estos momentos la sede social de AFEDECO se encuentra en el edificio de la CAEB.